
Bersama Petrus dan Yohanes, Yakobus termasuk murid kesayangan Yesus. Bersama mereka, Yakobus beroleh kesempatan menyaksikan apa-apa yang tidak dapat disaksikan para rasul yang lain. Bersama mereka, ia menyaksikan Yesus membangkitkan anak perempuan Yairus. Bersama mereka, ia mendaki gunung dan menyaksikan Yesus bercahaya seperti matahari dengan jubah-Nya berkilau-kilauan. Peristiwa ini disebut Transfigurasi atau Yesus Dipermuliakan. Pada hari Kamis Putih, yaitu malam sebelum Yesus wafat, Yesus membawa para rasul ke taman Getsemani. Dalam Injil Matius dikisahkan bagaimana Yesus meminta Petrus, Yakobus dan Yohanes untuk menyertai-Nya ketempat yang sunyi untuk berdoa. Mereka menyaksikan bagaimana Wajah Tuhan menjadi pucat karena duka yang amat dalam. Kemudian titik-titik darah mulai menetes dari kening-Nya. Sungguh, saat-saat yang amat memilukan, tetapi para rasul sudah terlalu lelah. Mereka tertidur! Kemudian St. Yakobus lari ketakutan ketika para musuh menangkap Yesus serta membawa-Nya pergi. Dan Yakobus tidak ada di bawah kaki salib pada hari Jumat Agung. Meskipun demikian, Tuhan menemuinya lagi pada sore hari Minggu Paskah di kamar atas. Yesus yang bangkit masuk melalui pintu yang terkunci dan berkata, “Damai sejahtera bagi kamu!” Yakobus dan para rasul yang lain mendapatkan damai yang dijanjikan-Nya itu setelah kedatangan Roh Kudus pada Hari Pentakosta.